Systems for Genome Sequencing
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次世代シーケンサにより大量の生ゲノムデータが得られる中、その効率的な処理に焦点をあてて研究を行っています。ハイスループットシーケンサから得られるショートリードに加え、近年発展が進むNanoporeなどのロングリードシーケンサを対象に、計算強度の高いアライメントやアセンブリといった二次処理から、ベースコーラーやウイルス検出に用いられる機械学習のフレームワークまで、多面的な研究をしてます。
次世代シーケンサにより大量の生ゲノムデータが得られる中、その効率的な処理に焦点をあてて研究を行っています。ハイスループットシーケンサから得られるショートリードに加え、近年発展が進むNanoporeなどのロングリードシーケンサを対象に、計算強度の高いアライメントやアセンブリといった二次処理から、ベースコーラーやウイルス検出に用いられる機械学習のフレームワークまで、多面的な研究をしてます。